Microbiote intestinal et MICI : et si tout était lié ? • Le Quotidien du Patient

La maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique donnent du fil à retordre à tous les scientifiques. La genèse de ces maladies n’est pas encore bien connue et les mécanismes d’apparition restent des champs à explorer par les scientifiques. Mais depuis quelques années, l’idée de l’implication du microbiote intestinal dans l’apparition des MICI émerge, et donne de nombreux espoirs pour agir contre la genèse voire l’évolution de ces maladies. Microbiote intestinal et MICI : et si tout partait de là ?

Le déséquilibre du microbiote intestinal

Le microbiote intestinal est composé de micro-organismes vivant en harmonie entre eux mais également avec l’hôte. Les micro-organismes vivant en permanence dans nos intestins ne sont pas pathogènes pour l’organisme. Bien au contraire, ils exercent des effets bénéfiques pour leur hôte. En d’autres termes, on parle de symbiose entre l’hôte et les colonies bactériennes car chacun tire de façon « égalitaire » des bénéfices. Doté d’une grande biodiversité, le microbiote comprend principalement : des firmicutes, des bactéroidetes, des protéobactéries et des actinobactéries.

Pour bien comprendre :

Tout savoir sur le microbiote intestinal

Quand l’équilibre au sein de microbiote est respecté et que l’hôte vit en bonne harmonie avec celui-ci, on parle d’« eu-biose ». Dès lors qu’un déséquilibre a lieu dans le microbiote pouvant perturber le bien être de la personne, on parle de dysbiose. Cette dysbiose peut avoir 3 origines :
1 – Présence excessive de micro-organismes pathogènes,
2 – Déficit en micro-organismes bénéfiques,
3 – Diminution de la biodiversité du microbiote.

Microbiote intestinal et MICI : les preuves

Dès lors qu’il est possible d’établir un lien/une preuve entre déséquilibre du microbiote intestinal et une pathologie, on parle de « signature ». Et il existe des signatures bactériennes associées aux MICI. Ces preuves concernent à la fois des études faites sur l’Homme et sur les animaux :

Sur les animaux

Chez des modèles d’animaux axéniques (dépourvus de microbiote), il n’est pas possible de leur induire de façon expérimentale de maladies intestinales inflammatoires. Mais chez certains modèles d’animaux expérimentaux, on associe la présence de certaines souches microbiennes aux symptômes des MICI et induit de plus fortes douleurs.

Chez les humains

Le microbiote des sujets malades n’est pas le même que celui des sujets sains, et une forte dysbiose apparaît chez les malades. Aussi, chez les personnes atteintes de rectocolite hémorragique :
– Des concentrations de bactéries apparaissent proches des lésions inflammatoires,
– En cas d’inflammation post chirurgie, des antibiotiques permettent de soulager les douleurs,
– Des transferts de microbiote d’un sujet sain vers un sujet atteint de rectocolite hémorragique montrent une efficacité thérapeutique.

Pour tout savoir sur la rectocolite hémorragique :

Tout savoir sur la rectocolite hémorragique ou RCH

Une diversité du microbiote intestinal moindre en cas de MICI

Par ailleurs, des études montrent que la richesse et la biodiversité du microbiote intestinal chez les personnes atteintes de MICI sont moins importantes. Par exemple, les bactéries productrices de butyrate telles que Faecalibacterium prausnitzii, Roseburia, ou encore Akkermansia se retrouvent en quantité fortement diminuée. Et c’est aussi le cas pour les Fimicutes. D’autres bactéries aux effets anti-inflammatoires apparaissent en quantité limitée chez les personnes malades : on associe la diminution de F. prausnitzii chez les personnes malades à un plus haut risque de récidive post-opératoire de la maladie de Crohn et un plus haut risque de rechute.

Au contraire, des bactéries aux effets néfastes et toxiques pour l’organisme apparaissent en quantité trop importante. C’est le cas des Escherichia coli adhérents et invasifs. Dans le microbiote de sujets malades, on retrouve plus de 36 % de ces bactéries, contre 6 % chez des sujets sains. Et ces souches ont un effet pro-inflammatoire.

La piste du microbiote comme voie thérapeutique dans les MICI

Il existe 4 voies pour moduler l’activité et la biodiversité du microbiote. Les chercheurs ont d’ores et déjà exploré ces voies, et certaines d’entre elles semblent plus prometteuses que d’autres :

1 – Les antibiotiques

Si certaines études montrent des effets positifs quant à l’utilisation des antiobiotiques dans les MICI (par exemple avec l’utilisation de la rifaximine), les scientifiques s’accordent à limiter leur utilisation du fait des effets secondaires potentiels.

2 – Les prébiotiques

Les prébiotiques sont des fibres non digérées au niveau intestinal, qui se retrouvent dans le côlon et fermentées par les bactéries coliques. Le problème : ce sont en général des sucres fermentescibles (FODMAPs, tels que les fructanes comme l’inuline). Et les personnes atteintes de MICI digérant mal les aliments ont des seuils de tolérance très bas en ce qui concerne les FODMAPs. Des études supplémentaires doivent néanmoins être réalisées car les régimes pauvres en fibres proposés aux personnes malades participent à la dysbiose. Donc de nouvelles recommandations pourraient être proposées suite à des investigations plus poussées.

Pour bien connaître les FODMAPs :

Comprendre les FODMAPs

3 – Les probiotiques

Des études ont montré l’efficacité de probiotiques dans la prévention de la rectocolite hémorragique, notamment de la souche E. coli Nissle 1917. En revanche, les tests faits chez les sujets atteints de maladie de Crohn n’ont pas encore été concluants.

4 – La transplantation fécale

Cette piste reste surement la voie la plus exploitable, aux effets potentiels bénéfiques et positifs dans la guérison des MICI. Quatre études montrent une rémission de 24 à 32 % chez les sujets atteints de rectocolite ayant bénéficié d’une transplantation fécale. Par rapport à 5 à 20% chez les sujets ayant un placebo. Néanmoins, cette piste encore peu étudiée pose de nombreuses questions (quels patients, moments de la transplantation, effets dans le temps…). Et de nombreux études seront réalisées pour répondre à ces questions.

Pour comprendre pourquoi le microbiote fécal d’un sujet sain pourrait être bénéfique :

Le microbiote fécal illustré

Bien que les connaissances sur le lien microbiote-MICI se développent considérablement, elles restent encore limitées sur certains points pour permettre une guérison fiable et durable.

Sources

– FMC Gastro, « Microbiote et MICI » Par Philippe Marteau,
– INRA, mai 2016, « Génétique et microbiote intestinal contribuent ensemble aux MICI »,
– DigestScience, « Rôle du microbiote dans les MICI ».